http://gigazine.net/news/20130515-microsoft-read-messages-on-skype/
Be careful when Skype - Microsoft reads
http://www.heise.de/security/meldung/Vorsicht-beim-Skypen-Microsoft-liest-mit-1857620.html
素敵すぎる
http://security.srad.jp/comments.pl?sid=682589&cid=2994299
メッセージングはすべてサーバー経由になってますよ。
なんせ、P2Pだったおかげで、どちらかがオンラインじゃないとメッセージ送れなくて、メッセンジャー競争で遅れをとって完全に負け組になってしまいましたから。
たしかMSに買収された後にサーバー経由に変わったと思う。
それから、SkypeはEnd-to-Endでの暗号化じゃないからすべてサーバー側で見れちゃいます。