MSI/MSI-X割り込み方式はエッジトリガ型の割り込みで、メモリ書き込みトランザクションにより割り込みの発生を通知します。
INTライン(IRQリソース)を必要としないためIRQの競合を意識する必要がありません。しかしながら現状ではMSI/MSI-Xをサポートしないデバイスも多いようです。
MSIのサポートはPCI-SIGの規格により定められているものの、その実装はベンダに委ねられているためです。
そのためPCI Expressデバイスの全てがMSI割り込みを使用できるわけではないことに注意が必要です。
http://ja.wikipedia.org/wiki/APIC
PCIのI/OデバイスによってはMSI (Message Signaled Interrupt) をサポートするものがあり、これらのデバイスは割り込み線を使用しないが、チップセットによりMSIメッセージは一旦IOAPICにルーティングされ、リダイレクション・テーブル介してからCPUへ割り込み通知される。