http://www.cc.tsukuba.ac.jp/WinSCP/PuTTYgen/index.html
OpenSSH等で作成したSSH2用の秘密鍵をWinSCP3で利用する場合は、PuTTYgenを利用して一度だけPuTTYgenの書式に変換(import機能)しておく必要があります。
PuTTYgenのメニューバーで[Conversions]の[Import key]を選択します。
[File]-[Save private key]
で作成されたppkファイルをWinscpで使用する。