http://qiita.com/Tats_U_/items/01d48eb70a8b359b0d95
TeXLiveを使用している場合は
sudo kanji-config-updmap-sys (fontname or auto or nofont) #システム全体
kanji-config-updmap (fontname or auto or nofont) #自分のみ(大学サーバなど)
のどちらかで変更できます。autoは自動で設定、nofontは埋め込みなしの設定です。変更前に、
kanji-config-updmap-sys status #システムデフォルトの設定
kanji-config-updmap status #自分の設定
で現在の設定を確認してください。
めも