下記で行けた
"C:\Program Files\Skype\Phone\Skype.exe" /username:SkypeID /password:PASSWORD /nosplash /minimized
参考
最小化で起動
http://forum.skype.com/lofiversion/index.php/t86274.html
Skype Command line login
http://blog.lares.jp/log/eid2211.html
http://blog.lares.jp/log/eid2209.html
01.10.2008 Skype 3.8.0.180 Windows
(中略)
* feature: Command line login
めも