http://www.math.kobe-u.ac.jp/~kodama/tips-backup.html
http://www.linux.or.jp/JF/JFdocs/Tips-HOWTO/short.html
(cd /source/directory && tar cf - . ) | (cd /dest/directory && tar xvfp -)
(LDP(翻訳JF) の Tips-HOWTO から)(GNU tar なら --directory をつかう?)
cp -a も良いですよ. link や /dev/ も OK です. 空ディレクトリの複製ができないとか, ちょっとした問題はあるけど.
cp -a /source/directory/* /dest/directory
tarもcpも時間的にはあまり変わらなかった。